A l'any 2000, el Grup de Recerca d'Informàtica Biomèdica participà en la visualització de la seqüència genòmica de Drosophila Melanogaster, aportant l'aplicació informàtica "gff2ps", una eina de visualització per a l'anàlisi genòmic. Aquest software va ser desenvolupat per la utilització pròpia en la seva recerca, però es va fer públic a través de la web i, així, va ser conegut per Celera Genomics. La col·laboració de l'IMIM, organisme públic, és purament científica i acadèmica. Al mes de març es publicà a la revista Science.
A l'octubre, el Grup de Recerca d'Informàtica Biomèdica participà en la visualització de la seqüència del Genoma Humà, amb l'aplicació informàtica "gff2ps", ja utilitzada per Celera Genomics en la visualització de Drosophila Melanogaster. En el cas del Genoma Humà, el Grup de Recerca d'Informàtica Biomèdica va haver d'adaptar el programa degut a les dimensions d'aquest genoma. Al febrer del 2001 es publicà a la revista Science.
Al juliol de l'any 2000 l'IMIM s'adscriu com a Institut Universitari a la Universitat Pompeu Fabra (UPF), per decret de la Generalitat de Catalunya.
El present de l'IMIM no es pot comprendre sense la seva directa vinculació amb els nous estudis en Ciències de la Salut i de la Vida de la Universitat Pompeu i Fabra, uns estudis que ja es varen posar en marxa en espais del propi edifici cedits a la UPF. Un desplegament acadèmic que ha comportat la creació del Departament de Ciències Experimentals i de la Salut (Dept. CEXS) de la UPF amb la incorporació de nou professorat altament qualificat que està formant nous grups de recerca al mateix entorn. Així, no només es comparteixen serveis comuns i científico-tècnics sinó que l'entorn científic creix anualment amb professors de la universitat, experts en els àmbits de la Senyalització Intracel·lular i Regulació Gènica, de la Genètica i Genòmica, i de la Biologia Evolutiva, entre d'altres.
Entre les iniciatives acadèmiques de la UPF en les que hi participa molt directament l'IMIM destaca el programa de Doctorat en Ciències de la Salut i de la Vida, uns estudis per a la formació de personal investigador que destaquen pel seu caràcter multidisciplinar i que proveeixen tres itineraris d'especialització en els àmbits de la recerca bàsica, la recerca clínica i la recerca en Salut Pública.
També, a l'any 2000, s'elabora el Codi de Bones Pràctiques Científiques que implica als científics d'ambdues institucions (IMIM i Dept. CEXS de la UPF) i que estableix unes "regles del joc" que, lliure i voluntàriament, assumeixen els professors i investigadors, no només per preservar la integritat de la recerca que efectuen, sinó per garantir-ne la màxima qualitat i excel·lència.
A l'abril de l'any 2000 es signa un conveni de col·laboració conjunt entre l'Ajuntament de Barcelona, els Departaments d'Universitats, Recerca i Societat de la Informació i de Sanitat i Seguretat Social de la Generalitat de Catalunya, la Universitat Pompeu Fabra i l''IMAS, per a la creació i posta en marxa del Parc de Recerca Biomèdica de Barcelona (PRBB), un projecte científic i innovador que ambiciona convertir Barcelona en una de les grans capitals de Recerca Biomèdica d'Europa.
El 23 de setembre del 2000 la Ministra de Ciencia y Tecnología, Anna Birulés, i l'alcalde de Barcelona, Joan Clos, presideixen l'acte protocol·lari d'inici de les obres del nou edifici del PRBB que, amb una superfície de 28.000 m2, disposarà de tecnologies avançades i instal·lacions especialment dissenyades per a la recerca. L'edifici, d'una arquitectura singular, s'està construint en el front marítim de la Barceloneta, al costat de l'Hospital del Mar.
El PRBB, parc científic universitari, té com a objectiu estratègic el concentrar i optimitzar els recursos humans, científico-tècnics i logístics necessaris per aconseguir una Recerca d'Excel·lència, una Docència Superior Innovadora i una Assistència Sanitària de la màxima qualitat en el camp biomèdic.
El Nucli Científic Principal que integrarà el PRBB és: l'Institut Municipal d'Investigació Mèdica (IMIM), el Departament de Ciències Experimentals i de la Salut (Dept. CEXS) de la UPF i el Centre de Regulació Genòmica (CRG).
El PRBB concentrarà la seva recerca científica en els camps següents: Diferenciació Cel·lular i Càncer, Genòmica i Regulació Gènica, Epidemiologia i Salut Pública, Fisiopatologia i Desenvolupaments Terapèutics, Bioinformàtica i Informàtica Biomèdica.
El 22 de juny de l'any 2002 es constitueix la Fundació Parc de Recerca Biomèdica per part de les Fundacions UPF, IMIM i CRG, després d'un acord previ entre les entitats superiors corresponents. La FPRBB està presidida pel Conseller d'Universitats i Recerca de la Generalitat de Catalunya, Sr. Andreu Mas-Colell, que també és president de la Fundació CRG. Són, a més, membres nats del seu Patronat la professora Rosa Virós, rectora de la UPF i el Sr. José I. Cuervo, quart tinent d'Alcalde de l'Ajuntament de Barcelona i president de la Fundació IMIM. Dirigeix la Fundació PRBB el Dr. Jordi Camí.
• Pujar